Gracze będą musieli zmierzyć się z podróżującym w czasie Kangiem Zdobywcą w niesamowitych bitwach odbywających się w Chronopolis na przestrzeni przeróżnych epok, od starożytnego Egiptu i Dzikiego Zachodu po Saakar oraz Nowy Jork 2099 roku. W przygodach tych weźmie udział cały szereg słynnych bohaterów, m.in. Kapitan Ameryka (jako kowboj), Spider-Man z roku 2099, Thor, Hulk, Strażnicy Galaktyki, Czarna Pantera, Kapitan Marvel, Doktor Strange, Zielony Goblin i dziesiątki innych superbohaterów oraz superzłoczyńców z uniwersum Marvela.

Pełne humoru LEGO® odpowiedniego dla fanów w każdym wieku LEGO® Marvel Super Heroes 2 zawierać będzie tryb wieloosobowy dla czterech graczy, który pozwoli grać w kooperacji lub rywalizować z rodziną i przyjaciółmi.